Bueno, JavaScript y JScript son diferentes en el mismo sentido que las distintas implementaciones de JavaScript, que hay varias, son diferentes.
Esta es la descripción que da la propia Microsoft en
sus páginas:
Microsoft JScript es una implementación abierta del lenguaje JavaScript de Netscape. Se trata de un lenguaje de secuencias de comandos de gran rendimiento diseñado para crear contenido activo en línea para World Wide Web. JScript permite a los desarrolladores vincular y automatizar una gran variedad de objetos en páginas Web, incluidos los controles ActiveX y los programas Java. Microsoft Internet Explorer está diseñado para interpretar el código JScript incrustado en páginas Web.
Lo que ocurre es que JScript tiene un montón de extensiones no estándar (sobre todo relacionadas con ActiveX) que hacen que si bien un motor JScript puede ejecutar la mayor parte del código JavaScript, lo contrario no suele ocurrir. Pero esto es lo mismo que pasaba con las implementaciones de HTML de Microsoft. También tenían toda clase de extensiones no estándar, pese a lo cual nunca se dijo que no fueran HTML...
Aquí tenéis una discusión sobre las diferencias entre ambos:
http://www.highdots.com/forums/javascri ... 97749.html
Aquí un ejemplo de cosas que específicamente no son compatibles:
http://javascript.about.com/library/bljscript.htm
Lo que también pasa con HTML (de ahí que por desgracia haya tantas páginas que no son independientes del navegador).
Saludos